Skyggetrær plantes på kaffefarmene for å beskytte mot nattefrost, forhindre jorderosjon og fungere som solfilter mot den sterke solen midt på dagen. 

Skyggetrærne gir kaffebuskene skygge, slik at kaffebærene tar lengre tid på å modnes - og dermed utvikler rikere og mer kompleks smak. Kaffetrærne er følsomme for frost og for mye direkte sollys, skyggetrærne beskytter kaffebuskene mot dette. 
Trærne er viktig for det rike fuglelivet samt for trekkfuglene som trekker sør over om vinteren. Denne menneskeskapte passasjen mellom nord og sør blir stadig viktigere for trekkfuglene da store skogsområder i Sentral Amerika jevnes med jorden hvert år. Skyggetrærne på kaffefarmene bidrar til et fuglemangfold noe som er en hyggelig bieffekt av kaffedyrkingen. Å dyrke kaffe blant skygge­trær er svært miljøvennlig. Så vel trærne som kaffebuskene motvirker jord­erosjon. Ettersom forskjellige arter fungerer godt som skyggetrær, ved­likeholdes dessuten artsrikdommen. På én enkelt guatemalsk kaffefarm har man funnet mer enn 100 for­skjellige arter av skyggetrær.